يتشكل هيكل المعهد على النحو التالي:
*عمادة المعهد:
1.العميد
2.نائب العميد للشئون الأكاديمية
3.نائب العميد لشئون الفروع
4.نائب العميد للشئون المالية والإدارية
* مجلس المعهد
ويتكون من:
1.عميد المعهد وهو رئيس مجلس الإدارة
2.نائب العميد لشئون الفروع
3.نائب العميد للشئون المالية والإدارية
4.مدراء الدوائر الأكاديمية
5.ممثل عن أعضاء هيئة التدريس بالمعهد
معهد الدكتور امين ناشر العالي للعلوم الصحية